Die klinische Homöopathie wird oft von Ärzten/Tierärzten angewandt, die „auch“ Homöopathie anbieten, um dem wachsenden Interesse der Patienten an alternativen, sanften Behandlungsmethoden Rechnung zu tragen. Hier werden die Mittel in der Regel organotroph angewandt, d.h. wenn z. B. die Leber nicht richtig arbeitet, wird ein Mittel gegeben, dass großen Bezug zur Leber hat, unabhängig davon, wie die restlichen Symptome des Patienten sind, z. B. seine Gemütsverfassung.
Noch öfter greift die klinische Homöopathie zu Komplexmitteln; dabei werden Mittel, die alle einen Bezug zu einem bestimmten Organ oder einer Erkrankung haben gemischt und gemeinsam potenziert.
Dazu muss man wissen, dass homöopathische Mittel in der Regel eine große Bandbreite an Wirkungen haben, nicht nur auf ein Organ oder auf Erkältungen, Durchfall, etc. Diese Mittel können sich auch gegenseitig aufheben, verstärken, abschwächen oder stören.
Es ist, als ob man bei Kopfschmerzen mehrere Medikamente gegen Kopfschmerzen gleichzeitig nehmen würde, in der Hoffnung, eins davon wird schon helfen.
Oft bringen diese Komplexmittel dann nicht den erhofften Erfolg, da sie nicht individuell auf den einzelnen Patienten abgestimmt sind – ein ganz wichtiges Prinzip der klassischen Homöopathie nach Hahnemann. Dann heißt es leider meistens: Homöopathie haben wir auch schon versucht, hat auch nicht geholfen.
Im Gegensatz zur klinischen Homöopathie nimmt die klassische Homöopathie jeden Fall detailliert auf. Es beginnt mit einer Erstanamnese, in der nicht nur das lokale Symptom (z. B. Schnupfen) aufgenommen wird, sondern zumindest bei chronischen Verläufen die gesamte Krankheits- und Lebensgeschichte des Patienten inkl. der Gemütssymptome, die in der klassischen Homöopathie einen besonders hohen Stellenwert haben.
Mit diesem möglichst vollständigen Bild des Patienten wird dann ein möglichst ähnliches Mittel gesucht, das die Hauptbeschwerden und Besonderheiten des Patienten, vor allem die individuellen, die ihn von anderen Patienten mit ähnlichem Leiden unterscheiden, abdeckt.
Die klassische Homöopathie gibt nur ein Mittel zur Zeit, so dass der Verlauf gut beurteilt werden kann. Wenn dieses Mittel bei längerem Krankheitsverlauf nicht ausreicht, um die Heilung zu vollenden, folgt ein weiteres Mittel, dass auf die jetzt noch vorhandenen Symptome passt. Dabei achtet der Homöopath auch darauf, dass das zweite Mittel gut auf das erste folgt und nicht die schon erfolgte Besserung wieder stört.